处处义旗，人人思愤。清廷江南前线的总指挥豫亲王多铎实行大肆镇压，江南胜地，顿时血流成河。

据史载，在常熟，奋起抵抗的市民被清军屠杀，“通衢小巷，桥畔河干，败屋眢井，皆积尸累累，通记不下五千余人，而男女之被掳去者不计焉”。七月初六，清军攻陷不肯剃发的昆山，屠城三日，“总计城中人被屠戮者十之四，沉河堕井投缳者十之二，被俘者十之二，以逸者十之一，藏匿幸免者十之一”。顺治二年，清军在嘉定三次屠城，清兵“家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草丛棘，必用长枪乱搅”，“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍”。清兵“悉从屋上奔驰，通行无阻。城内难民因街上砖石阻塞，不得逃生，皆纷纷投河死，水为之不流”。若见年轻美色女子，遂“日昼街坊当众奸淫”，有不从者，“用长钉钉其两手于板，仍逼淫之”。血腥屠杀之后，清兵便四出掠夺财物。“兵丁每遇一人，辄呼蛮子献宝，其入悉取腰缠奉之，意满方释。遇他兵，勒取如前。所献不多，辄砍三刀。至物尽则杀。故僵尸满路，皆伤痕遍体，此屡砍位能非一人所致也”。大屠杀持续了一日，约三万人遇害，“自西关至葛隆镇，浮尸满河，舟行无下篙处”。更有甚者，清军“拘集民船，装载金帛、子女及牛马羊等物三百余船”，满载而去。

当然，和历史上几乎所有恶贯满盈的汉奸一样，孙之獬同样受到了严厉的惩罚。《研堂见闻杂录》记载：“至丁亥岁，山东有谢迁奋起，攻破州县，入淄川城，首将之獬一家杀死，孙男四人，孙女孙妇三人，皆备极淫惨以毙，而之獬独缚至十余日，五毒备下，缝口支解。嗟乎!小人亦枉作小人尔，当其举宗同尽，百口陵夷，恐聚十六州铁铸不成一错也。”

顺治三年秋，山东爆发了谢迁领导的农民起义，这时孙之獬正巧衣锦还乡。农民军攻入淄川，将其活捉，五花大绑示众街市，人们在他身上遍刺针孔，插上毛发，以惩罚其献媚清廷首创剃发残害同胞的罪行，然后斩首市曹，暴尸通衢。消息传出，人们无不拍手称快，皆云罪有应得。顾炎武闻此消息，奋笔写《淄川行》以贺：“张伯松，巧为奏，大纛高牙拥前后。罢将印，归里中，东国有兵鼓逢逢。鼓逢逢，旗猎猎，淄川城下围三匝。围三匝，开城门，取汝一头谢元元。”孙之獬的死讯传到京城，顺治帝给吏部下旨，讨论抚恤之事。当场就有大臣提出：孙之獬已被削去官籍，不应当给予抚恤。顺治帝最后采用了这些大臣的建议，没有给予孙之獬任何旌表和抚恤。

呜呼，这就是以出卖祖宗和灵魂为代价来“贪慕富贵”的恶棍下场。孙之獬其人在中国历史上本称不上什么人物，却在清初做了一件让人至今为之诟骂的事情，让世人至今骂之而后快，以致成为清初官场上一个声名狼藉的人物，成了千古罪人，真可谓“恐聚十六州铁铸不成一错也”。