水师群情激奋，纷纷要求与日本一战。据有关史料记载，“定远”、“镇远”、“济远”、“威远”4艘铁甲舰迅速进入临战状态，官兵们褪去炮衣，将炮口对准了长崎市区。当时，总教习琅威理甚至主张对日全面开战。北洋水师提督丁汝昌电告李鸿章，只要李鸿章一声令下，具有压倒性优势的“定远”、“镇远”、“济远”、“威远”4艘铁甲舰上威力巨大的炮弹将会把日本的长崎市炸成一片焦土。

起初，李鸿章在得知“长崎事件”后，随即愤怒地召见了日本驻天津领事波多野，不无威胁地对波多野说：“如今开启战端，并非难事……”这就是说，李鸿章曾经考虑到向日本开战。如果，按照李鸿章此时此刻的愤怒之情，与日本开战不是没有可能。而此时中国拥有“亚洲第一”的强大海军军力，对日本具有压倒性的优势，灭掉日本也绝不是天方夜谭，还是有一定的机率的。

但是，结果李鸿章还是忍住了雷霆之怒，采取了外交和司法途径来解决“长崎事件”。当时，在李鸿章高级幕僚、法学家伍廷芳的策划下，驻日公使徐承祖依照国际法就事件同日本政府交涉，但日方强词夺理拒不认错，并拖延再三，希望不了了之。李鸿章决定“停审”，做出一种中国准备单方面处理此事的强硬姿态。总教习琅威理提出“撤使绝交、以兵相胁”的主张。这一招起到了敲山震虎的效应。

中日双方通过外交和司法的途径进行了长达几个月的谈判，最后延至1887年2月，双方在英、德公使的调停下彼此让步，达成协议，称这次冲突是语言不通，彼此误会，没有追究责任和是非，对死伤者各给抚恤。日方付恤款525万元，中方付恤款155万元。此外，长崎医院的医疗救护费2千7百元由日方支付。

“长崎事件”虽然以通过外交和司法的途径得以解决，但是在日本当局的挑动下其民间的爱国情绪却因此被煽动起来。日本朝野的军国主义思想越来越浓厚，当时深受刺激的日本海军由此发狠：“一定要打胜‘定远’‘镇远’。”在军国主义思想蛊惑下，一些天真稚童竟也玩起打中国军舰“定远”、“镇远”的战斗游戏。李鸿章将北洋军舰送到日本修理本来含有威慑日本人的意图，却没想到竟如此深深刺激了日本人的民族心理。当然，如果当时李鸿章采取军事解决“长崎事件”的话，即便是不能灭掉或者摧毁日本，也会全歼当时的日本海军舰队，真正一开战清，政府派出所有的北洋水师舰艇轮番对日本所有港口以及边境城市进行炮击会让小日本气血大伤的（这样说的确是有点夸张，但是在当时那个时代，概率是很高的，当时的日本政府节省十来年的财政开支，以及广大日本民众的捐款才组建起一支还逊于北洋水师的海军舰队）。

如果做了那个选择的话，甲午战争的胜败将大不相同。